В мире аниме «Полифоника» царит удивительная гармония. На континенте с одноимённым названием люди и духи живут бок о бок, а связующим звеном между мирами выступает божественная музыка. Лишь избранные музыканты, дэнтисты, способны исполнять эти мелодии, поддерживая хрупкий баланс. История приглашает зрителя в Академию Божественной Музыки, где разворачивается путь главного героя.
Центральными фигурами сюжета становятся студент Форон Татара и дух Кортикарте. Сериал подробно показывает их непростые студенческие годы, полные учёбы и личных открытий. Между юным дэнтистом и его духовной спутницей поначалу возникает непонимание, им предстоит долгий путь, чтобы научиться слышать друг друга. Их отношения, полные трогательных и конфликтных моментов, составляют эмоциональное ядро повествования.
Однако идиллическому миру Полифоники угрожает опасность. По городам континента прокатывается волна терактов, сея панику среди мирных жителей. Действия таинственных злодеев бросают вызов хрупкому спокойствию, заставляя героев задуматься об истинной силе музыки. Им предстоит не только постигать её искусство, но и использовать дар для защиты того, что им дорого.